Terrestre: La principal vía de comunicación es la ruta PY 09 o “Ruta Transchaco” que cruza todo el departamento de Sureste a Noroeste. La ruta PY 05 asfaltada une Pozo Colorado con el puente Nanawa sobre el río Paraguay y la ciudad de Concepción. Varios ramales no pavimentados parten desde ambos lados de la ruta PY 09 y permiten la comunicación con comunidades indígenas puestos militares establecimientos agropecuarios y puertos sobre el Río Paraguay. Los puentes del departamento de Presidente Hayes: El puente “Remanso” une la región Oriental con la región Occidental cerca de Asunción. El puente “Nanawa” también une ambas regiones muy cerca de la ciudad de Concepción. El puente “San Ignacio de Loyola” sobre el río Pilcomayo une Puerto Falcón (Paraguay) y Clorinda (Argentina). Fluvial: Su principal vía de transporte fluvial es el río Paraguay que es el límite Este del departamento. El río Pilcomayo y varios riachos permiten la navegación con embarcaciones pequeñas. Aéreo: Cuenta con dos pistas de aterrizaje muy bien ubicadas: Aéreo Club Sargento Nicolás Bó en la Compañía Remansito (cerca del puente “Remanso” y Asunción) y el Aeropuerto “Silvio Pettirossi” en Puerto Pinasco. Varios establecimientos agropecuarios cuentan con pistas de aterrizaje no pavimentadas.
