Terrestre: El departamento de Misiones se encuentra vinculado con la capital de país Asunción a través de la ruta PY 01. Esta ruta también lo une hacia el Sur con la ciudad de Encarnación (Itapúa). Una ruta asfaltada conduce a Santiago y Ayolas (zona de influencia de la Represa de Yacyretá) de Coratei a Yabebyry por un camino empedrado. En San Ignacio se inicia hacia el Oeste la ruta PY 04 asfaltada que llega a Pilar (Ñeembucú) y continúa hacia el Sur del departamento de Ñeembucú Aérea: El transporte aéreo es realizado con aviones de mediano tamaño en San Juan Bautista y Ayolas principalmente. Fluvial: Las vías navegables con que cuenta Misiones son los ríos Paraná para embarcaciones de gran tamaño y el Tebicuary para las de menor tamaño.
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