Terrestre: La ruta PY 05 une el puerto de Concepción sobre el río Paraguay con Pedro Juan Caballero (212 km). La ruta PY 05 en Yby Ya'u empalma con la ruta PY 08 y así se comunica con el Sur de la Región Oriental. Al Norte la ruta PY 08 llega hasta Bella Vista Norte por ruta totalmente pavimentada. En Bella Vista Norte está el puente sobre el río Apa que comunica con Bela Vista/MS Brasil. A partir de Ponta Porã ciudad fronteriza con Pedro Juan Caballero el departamento se comunica con el Brasil mediante las rutas BR 463 y MS 164. La ruta PY 17 conecta los departamentos de Amambay y Canindeyú a partir de la ciudad de Salto del Guairá hasta Pedro Juan Caballero. La ruta PY 11 une el departamento de Amambay desde la ciudad de Capitán Bado con el distrito de Puerto Antequera en el departamento de San Pedro. Aérea: Pedro Juan Caballero cuenta con el aeropuerto internacional “Dr. Augusto Roberto Fuster”.